Клиническая микробиология: где мы находимся? (часть 2)

Типизация организмов также является ключевой областью клинической микробиологии, развитие которой необходимо для понимания эпидемиологии инфекций и определения способов борьбы с ними. Серотипирование – классическая фенотипическая техника, тогда как молекулярные методы сейчас являются наиболее распространенными. Электрофорез геля с импульсным полем является стандартной техникой, часто используемой в больничной эпидемиологии, тогда как методы секвенирования, такие как типирование мультилокусных последовательностей, являются молекулярным подходом для понимания глобальной эпидемиологии инфекций, таких как, например, пневмококковые инфекции. Также всё чаще используются удобные биоинформативные решения для анализа растущего объема данных. В настоящее время это в основном делается в референс-центрах, однако клинические лаборатории должны иметь доступ к результатам этих анализов и, что важнее, знания для их интерпретации.

Увеличение уровня автоматизации также характерно для современной лаборатории. Сегодня автоматизирован преаналитический этап с загрузкой прештрихкодированных образцов в анализаторы, аналитический этап и последующая выгрузка результатов исследования в информационную систему лаборатории (ЛИС) или больницы (МИС).

Несмотря на то, что само культивирование клинических образцов до получения чистой культуры происходит вручную, были разработаны автоматические анализаторы для обработки клинических образцов и выполнения традиционных микробиологических методов, включая анализаторы гемокультур, анализаторы для идентификации бактерий и тестирование их чувствительности к антимикробным препаратам. Анализаторы используют большие базы данных по чувствительности к антибиотикам. Они проводят рутинные и более сложные больничные эпидемиологические исследования и могут загружать данные в национальные и международные эпидемиологические системы, включая системы мониторинга устойчивости к антибиотикам.

Однако важным побочным эффектом автоматизации является «эффект черного ящика» в лаборатории: результат теста — результат автоматического анализатора, без реальных знаний о биологии микроорганизма, вызвавшего инфекцию.

Например, выделенный изолят называется Klebsiella pneumoniae, потому что «машина так говорит», но она не учитывает другие данные (например, морфологические).

Существует разрыв между работниками лаборатории и учеными-микробиологами, разрабатывающими эти тест-системы. Поэтому постоянное обучение технического персонала в лаборатории крайне важно для понимания логики автоматизации и биологической основы диагностических процедур. Инновационные методы, включая масс-спектрометрию, всё чаще используются в современных лабораториях. Метод матрикс-ассоциированной лазерной десорбции/ионизации (MALDI-TOF) является основным примером использования этих методов для идентификации и типизации бактерий.

Заключение