Десять пунктов эффективного сотрудничества клиницистов и клинических микробиологов, улучшающие качество лечения (часть 5)

9) Характеристики патогенов могут помочь в изучении причин и осложнений инфекционных синдромов

Понимание причин и осложнений инфекционных синдромов важно для успешного лечения инфекции и предотвращения рецидивов (Таблица 3). Исследования причин и осложнений инфекций проводятся с учетом возбудителя.

В организме человека обитают триллионы бактерий, и он защищен от инфекций с помощью защитных механизмов. Инфекции возникают в результате ослабления защитных механизмов, в том числе из-за травм или сопутствующих заболеваний. Патогенность организма, вызывающая симптоматическое заболевание, определяется его факторами вирулентности и способностью преодолевать защитные механизмы. Например, грамотрицательные бактерии являются частью микрофлоры желудочно-кишечного тракта и при отсутствии нарушений в защитных механизмах организма не мигрируют в стерильные локусы, и не вызывают инфекции. Таким образом, при обнаружении случаев грамотрицательной бактериемии необходимо не только назначить антибактериальные препараты, но и провести исследования желчевыводящих путей, желудочно-кишечного тракта и мочевыделительной системы, чтобы выявить нарушения защитных барьеров, которые привели к инфекции. Аналогичным образом, выявление других патогенов в других стерильных локусах, таких как инвазивное пневмококковое заболевание (например, первичная бактериемия S. pneumoniae), должно побудить к обследованию на наличие заболеваний, снижающих восприимчивость организма (например, вируса иммунодефицита человека).

Таблица 3. Ассоциации с патогенами, выявленными в кровотоке

Знание характеристик возбудителя также полезно для выявления инфекционных осложнений. Бактериемия, вызванная S. aureus (колонизатором кожи и слизистых оболочек), довольно распространена и дает 20-30%-ю смертность. Поскольку инфекционный эндокардит выявляется у 25% пациентов с бактериемией, вызванной S. aureus, эхокардиограмма рекомендуется всем пациентам с бактериемией, вызванной S. aureus.

Помимо эмпирического назначения антибактериальных препаратов, микробиологические исследования также помогают принимать решения о дополнительном лечении. Например, решение об удалении центральных катетеров или их сохранении в случаях инфекций кровотока частично зависит от обнаруженного патогена. S. aureus, Pseudomonas aeruginosa и Candida spp. обладают способностью образовывать биопленки, и при обнаружении таких патогенов в кровотоке рекомендуется удалять центральный катетер.

10) Молекулярная микробиология может быть использована для повышения чувствительности и специфичности в соответствующем клиническом контексте

Развитие молекулярной биологии значительно повысило чувствительность, специфичность, скорость обнаружения и идентификации патогенов. Тесты на нуклеиновые кислоты, которые выявляют определенные последовательности ДНК или РНК бактерий, или вирусов, раньше проводились только в специализированных лабораториях, теперь же они стали рутинными исследованиями.

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) и изотермическая амплификация с помощью петель (LAMP) – это примеры тестов на амплификацию нуклеиновых кислот (NAAT), в которых ферменты используются для экспоненциального увеличения последовательности нуклеиновой кислоты для быстрого обнаружения in vitro. Впечатляющее время выполнения NAAT привело к тому, что они стали использоваться в качестве первичных скрининговых тестов для инфекций, вызванных Chlamydia trachomatis и Neisseria gonorrhoeae. Исключительная чувствительность NAAT также проявляется в его способности с высокой степенью достоверности исключать инфекции. Например, современные данные свидетельствуют о том, что один результат LAMP-теста на малярию превосходит толстые и тонкие мазки при попытке исключить малярию у пациента.

Хотя тесты на нуклеиновые кислоты можно использовать для постановки диагноза, их применение в качестве теста на излечение пациента сомнительно и требует тщательной клинической корреляции, поскольку само по себе обнаружение молекулярных мишеней может быть связано как с острой инфекцией, так и с колонизацией патогена или остаточным выделением возбудителя после ранее перенесенной инфекции. Например, обнаружение микобактерий туберкулеза в мокроте с помощью ПЦР может сохраняться в течение многих лет у пациентов после соответствующей противотуберкулезной терапии и не означает, что инфекционный процесс продолжается. Аналогичным образом, у пациентов, получавших лечение от диареи, вызванной Clostridioides difficile, при клиническом выздоровлении могут сохраняться положительные результаты ПЦР-анализа на токсины. ПЦР-анализ кала позволяет выявить C. difficile у здоровых взрослых людей, у которых наблюдается бессимптомная колонизация, – частота таких случаев составляет около 15%. Таким образом, врачам следует интерпретировать результаты анализов на нуклеиновые кислоты только с учетом клинического контекста пациента.

Заключение